Disponibilità Tesi Sperimentali: Aprile 2026
Note. This page is in Italian because the thesis projects are offered to undergraduate students enrolled in Italian-language degree programs at the University of Urbino. We are, however, open to hosting fully and independently funded international students for a bachelor’s or master’s thesis/final year project. Interested candidates are invited to contact us at camd@uniurb.it.
Introduzione
Presso il Computer-Assisted Molecular Design Laboratory (CAMD) interpretiamo il percorso di tesi non come un semplice obbligo accademico, ma come un’occasione preziosa per approfondire un tema che la studentessa o lo studente ritenga stimolante ed intrigante.
Per i percorsi sperimentali, la tesi rappresenta, poi, la possibilità di cimentarsi in un vero e proprio progetto di ricerca, partecipando attivamente alla vita del laboratorio e contribuendo in prima persona allo sviluppo di nuove conoscenze. L’esperienza al CAMD offre quindi non solo competenze tecniche avanzate, ma anche una visione concreta di come si svolge il lavoro scientifico in un contesto internazionale, dinamico e collaborativo.
La supervisione delle tesi al CAMD è garantita sia dal personale accademico del gruppo – Prof. Giovanni Bottegoni, Dott. Mattia Bernetti e Dott. Gian Marco Elisi – sia dal contesto stesso del laboratorio. Le laureande e i laureandi non lavorano in isolamento, ma partecipano attivamente alla vita del laboratorio, beneficiando di un ambiente collaborativo e stimolante, dove la condivisione di conoscenze avviene anche in modo orizzontale. Sono inoltre coinvolti nei group meetings che si tengono con cadenza mensile, un’occasione preziosa per presentare i propri progressi, ricevere feedback e affinare, ben prima della discussione finale, le proprie capacità di comunicazione scientifica.
Ambiti di Ricerca
Le tesi svolte presso il CAMD si inseriscono principalmente nell’ambito della modellistica molecolare. Ciascuna tesi si configura come un contributo a progetti più ampi, in cui le/i candidate/i si occupano in prima persona della parte computazionale o biofisica, mentre le fasi sperimentali di sintesi o saggi biologici vengono svolte tramite collaborazioni con altri laboratori.
Le tesi proposte nel laboratorio possono essere suddivise in tre categorie principali, anche se i confini tra di esse possono, a volte, essere sfumati:
- Drug design computazionale: utilizzo di tecniche quali docking, virtual screening e pharmacophore modelling per l’individuazione di molecole bioattive mirate a specifici target biologici.
- Simulazioni avanzate: applicazione di dinamica molecolare e altri metodi simulativi per studiare meccanismi complessi legati al funzionamento di target macromolecolari (proteine, RNA, ecc.) o alle interazioni tra macromolecola e ligando.
- Machine learning per lo sviluppo farmaceutico: esplorazione e applicazione di algoritmi di apprendimento automatico per migliorare la scoperta e l’ottimizzazione di nuovi farmaci.
Oltre all’ambito computazionale, a partire dalla primavera del 2026 sarà inoltre possibile svolgere tesi in ambito biofisico, con progetti che prevedono l’applicazione di tecniche quali SPR (Surface Plasmon Resonance) e MST (Microscale Thermophoresis) per lo studio delle interazioni molecolari.
Salvo disponibilità, il laboratorio può occasionalmente offrire la supervisione di una tesi compilativa per il Corso di Laurea in Farmacia (LM-13). Queste tesi riguardano temi afferenti al settore disciplinare CHEM-07A, con particolare attenzione allo studio delle relazioni struttura-attività per molecole coinvolte nel trattamento e nella modulazione di malattie e target emergenti.
Prerequisiti, Svolgimento e Durata della Tesi
La possibilità di svolgere la tesi presso il CAMD lab segue il regolamento didattico del corso di laurea; non sono previsti altri prerequisiti.
Gli spazi e le attrezzature disponibili consentono di ospitare al massimo due tesi in contemporanea.
Ci si aspetta che il/la tesista dedichi al lavoro di tesi la maggior parte del proprio tempo, frequentando quotidianamente il laboratorio. Nel rispetto del regolamento didattico, si consiglia di iniziare il percorso di tesi dopo aver completato, o con ancora pochissimi esami da sostenere.
I progetti di tesi sperimentale hanno una durata media di 7-8 mesi e proseguono fino al raggiungimento di risultati sperimentali sufficienti. Pur essendo calibrati sulle capacità di chi affronta per la prima volta un’attività di ricerca, si tratta di veri e propri progetti scientifici: per questo non è possibile definire in anticipo con precisione né i risultati finali né le tempistiche esatte.
Opportunità e Competenze Acquisite
Svolgere la tesi presso il CAMD lab significa entrare in un contesto di ricerca internazionale, con accesso a strumentazioni e metodologie allineate agli standard dell’industria farmaceutica globale. Durante il percorso, la/il tesista avrà l’opportunità di:
- Utilizzare software di modellistica molecolare impiegati in tutte le principali aziende farmaceutiche.
- Acquisire competenze nell’uso del sistema operativo Linux e del linguaggio di programmazione Python, entrambe competenze altamente trasferibili e spendibili in molteplici settori scientifici e tecnologici.
- Applicare tecniche avanzate come docking, virtual screening, pharmacophore modelling, simulazioni di dinamica molecolare e machine learning per il drug discovery.
- Per i progetti biofisici, apprendere l’uso di metodologie quali SPR (Surface Plasmon Resonance) e MST (Microscale Thermophoresis).
- Sviluppare capacità di analisi critica, interpretazione di dati complessi e presentazione dei risultati.
- Lavorare in un ambiente multidisciplinare e multiculturale, con supervisione diretta e apprendimento orizzontale dal confronto quotidiano con ricercatrici e ricercatori di diversa esperienza.
- Rafforzare autonomia, gestione del tempo e problem solving, competenze fondamentali sia in ambito accademico sia industriale.
Esempi di Tesi Precedenti
Dott. Vittorio Lembo – Laureato in Farmacia A.A. 2021/22
Titolo tesi: Chemical Features of Dual Target-Directed Ligands: a Systematic Analysis
Pubblicazione: Lembo V. & Bottegoni G. Systematic Investigation of Dual-Target-Directed Ligands. J. Med. Chem. 67, 10374-10385 (2024).
Percorso successivo: Dottorato in Research Methods in Science and Technology, Università degli Studi di Urbino Carlo Bo (Ciclo XXXVIII).
Dott. Luigi Cutarella – Laureato in CTF A.A. 2021/22
Titolo tesi: Studio della performance in simulazioni di high-throughput
docking di un dataset di molecole hit-like generato mediante
machine learning
Pubblicazione: manoscritto in preparazione
Percorso successivo: Dottorato di Ricerca in Chemical and Pharmaceutical Sciences, Università di Siena (Ciclo XXXVIII)
Dott.ssa Rosaria Spagnuolo – Laureata in Farmacia A.A. 2021/22
Titolo tesi: Applicazione della dinamica molecolare allo studio di molecole attive su GSK-3β
Pubblicazione: Di Martino RMC, et al. Rational optimization of D3R/GSK-3β dual target-directed ligands as potential treatment for bipolar disorder: Design, synthesis, X-ray crystallography, molecular dynamics simulations, in vitro ADME, and in vivo pharmacokinetic studies. Eur J Med Chem. 297, 117899 (2025).
Percorso successivo: Dottorato di Ricerca in Scienze Biotecnologiche, Biocomputazionali, Farmaceutiche e Farmacologiche, Università di Bologna (Ciclo XXXIX)
Dott.ssa Anna Lisa Chiaravalle – Laureata in CTF A.A. 2022/23
Titolo tesi: The effect of mutations on tiotropium residence time in the
human M3 muscarinic receptor. A computational study.
Pubblicazione: Coricello A, et al. Adiabatic-Bias Molecular Dynamics Simulations Reveal the Impact of Mutations on Muscarinic Antagonist Unbinding Kinetics. J Chem Inf Model. 65(13):7129–7142 (2025).
Dott.ssa Alessia Peluso – Laureata in Farmacia A.A. 2023/24
Titolo tesi: Pharmacophore modelling e target fishing di inibitori della proliferazione di Leishmania infantum con scaffold bisindolico
Pubblicazione: Manoscritto in preparazione
Dott.ssa Sabrina Papi – Laureata in Farmacia A.A. 2024/25
Titolo tesi: Valutazione del meccanismo d’azione degli inibitori di USP2 con scaffold 4-idrossitiazolico
Pubblicazione: Manoscritto in preparazione