{"id":255,"date":"2025-08-11T15:44:14","date_gmt":"2025-08-11T15:44:14","guid":{"rendered":"https:\/\/camd.uniurb.it\/?page_id=255"},"modified":"2026-04-03T12:49:22","modified_gmt":"2026-04-03T12:49:22","slug":"tesi","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/camd.uniurb.it\/?page_id=255","title":{"rendered":"Tesi"},"content":{"rendered":"\n<p class=\"has-text-align-center\"><strong>Disponibilit\u00e0 Tesi Sperimentali: Gennaio 2027<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><em><strong>Note.<\/strong> This page is in Italian because the thesis projects are offered to undergraduate students enrolled in Italian-language degree programs at the University of Urbino.<\/em> <em>We are, however, open to hosting fully and independently funded international students for a bachelor\u2019s or master\u2019s thesis\/final year project. Interested candidates are invited to contact us at <strong><a>camd@uniurb.it<\/a><\/strong>.<\/em><span id=\"bppb-heading-anchor-1\"><\/span><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Introduzione<\/h3>\n\n\n\n<p>Presso il <strong>Computer-Assisted Molecular Design Laboratory (CAMD)<\/strong> interpretiamo il percorso di tesi non come un semplice obbligo accademico, ma come un\u2019occasione preziosa per approfondire un tema che la studentessa o lo studente ritenga stimolante ed intrigante.<\/p>\n\n\n\n<p>Per i percorsi sperimentali, la tesi rappresenta, poi, la possibilit\u00e0 di cimentarsi in un vero e proprio progetto di ricerca, partecipando attivamente alla vita del laboratorio e contribuendo in prima persona allo sviluppo di nuove conoscenze. L\u2019esperienza al CAMD offre quindi non solo competenze tecniche avanzate, ma anche una visione concreta di come si svolge il lavoro scientifico in un contesto internazionale, dinamico e collaborativo.<span id=\"bppb-heading-anchor-2\"><\/span><\/p>\n\n\n\n<p>La supervisione delle tesi al <strong>CAMD<\/strong> \u00e8 garantita sia dal personale accademico del gruppo &#8211; <strong>Prof. Giovanni Bottegoni<\/strong>, <strong>Dott. Mattia Bernetti<\/strong> e <strong>Dott. Gian Marco Elisi<\/strong> &#8211; sia dal contesto stesso del laboratorio. Le laureande e i laureandi non lavorano in isolamento, ma partecipano attivamente alla vita del laboratorio, beneficiando di un ambiente collaborativo e stimolante, dove la condivisione di conoscenze avviene anche in modo orizzontale. Sono inoltre coinvolti nei <em>group meetings<\/em> che si tengono con cadenza mensile, un\u2019occasione preziosa per presentare i propri progressi, ricevere feedback e affinare, ben prima della discussione finale, le proprie capacit\u00e0 di comunicazione scientifica.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Ambiti di Ricerca<\/h3>\n\n\n\n<p>Le tesi svolte presso il CAMD si inseriscono principalmente nell\u2019ambito della modellistica molecolare. Ciascuna tesi si configura come un contributo a progetti pi\u00f9 ampi, in  cui le\/i candidate\/i si occupano in prima persona della parte computazionale o biofisica, mentre le fasi sperimentali di sintesi o saggi biologici vengono svolte tramite collaborazioni con altri laboratori.<\/p>\n\n\n\n<p>Le tesi proposte nel laboratorio possono essere suddivise in tre categorie principali, anche se i confini tra di esse possono, a volte, essere sfumati:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>Drug design computazionale:<\/strong> utilizzo di tecniche quali docking, virtual screening e pharmacophore modelling per l\u2019individuazione di molecole bioattive mirate a specifici target biologici.<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Simulazioni avanzate:<\/strong> applicazione di dinamica molecolare e altri metodi simulativi per studiare meccanismi complessi legati al funzionamento di target macromolecolari (proteine, RNA, ecc.) o alle interazioni tra macromolecola e ligando.<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Machine learning per lo sviluppo farmaceutico:<\/strong> esplorazione e applicazione di algoritmi di apprendimento automatico per migliorare la scoperta e l\u2019ottimizzazione di nuovi farmaci.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Oltre all\u2019ambito computazionale, a partire dalla primavera del 2026 sar\u00e0 inoltre possibile svolgere tesi in ambito biofisico, con progetti che prevedono l\u2019applicazione di tecniche quali <strong>SPR (Surface Plasmon Resonance)<\/strong> e <strong>MST (Microscale Thermophoresis)<\/strong> per lo studio delle interazioni molecolari.<\/p>\n\n\n\n<p>Salvo disponibilit\u00e0, il laboratorio pu\u00f2 <strong>occasionalmente<\/strong> offrire la supervisione di una tesi compilativa per il Corso di Laurea in Farmacia (LM-13). Queste tesi riguardano temi afferenti al settore disciplinare CHEM-07A, con particolare attenzione allo studio delle relazioni struttura-attivit\u00e0 per molecole coinvolte nel trattamento e nella modulazione di malattie e target emergenti.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Prerequisiti, Svolgimento e Durata della Tesi<\/h3>\n\n\n\n<p>La possibilit\u00e0 di svolgere la tesi presso il CAMD lab segue il <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1hIQFuMU4mKlT2RG4vNYJeJZ8GpoQO99K\/view\">regolamento didattico del corso di laurea<\/a>; <strong>non sono previsti altri prerequisiti<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n<p><strong>Gli spazi e le attrezzature disponibili consentono di ospitare al massimo due tesi in contemporanea<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p>Ci si aspetta che il\/la tesista dedichi al lavoro di tesi la maggior parte del proprio tempo, frequentando quotidianamente il laboratorio. Nel rispetto del regolamento didattico, si consiglia di iniziare il percorso di tesi dopo aver completato, o con ancora pochissimi esami da sostenere.<\/p>\n\n\n\n<p>I progetti di tesi sperimentale hanno una durata media di 7-8 mesi e proseguono fino al raggiungimento di risultati sperimentali sufficienti. Pur essendo calibrati sulle capacit\u00e0 di chi affronta per la prima volta un\u2019attivit\u00e0 di ricerca, si tratta di veri e propri progetti scientifici: per questo non \u00e8 possibile definire in anticipo con precisione n\u00e9 i risultati finali n\u00e9 le tempistiche esatte.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><span id=\"bppb-heading-anchor-5\"><\/span>Opportunit\u00e0 e Competenze Acquisite<\/h3>\n\n\n\n<p>Svolgere la tesi presso il <strong>CAMD lab<\/strong> significa entrare in un contesto di ricerca internazionale, con accesso a strumentazioni e metodologie allineate agli standard dell\u2019industria farmaceutica globale. Durante il percorso, la\/il tesista avr\u00e0 l\u2019opportunit\u00e0 di:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Utilizzare software di modellistica molecolare impiegati in tutte le principali aziende farmaceutiche.<\/li>\n\n\n\n<li>Acquisire competenze nell\u2019uso del sistema operativo <strong>Linux<\/strong> e del linguaggio di programmazione <strong>Python<\/strong>, entrambe competenze altamente trasferibili e spendibili in molteplici settori scientifici e tecnologici.<\/li>\n\n\n\n<li>Applicare tecniche avanzate come docking, virtual screening, pharmacophore modelling, simulazioni di dinamica molecolare e machine learning per il drug discovery.<\/li>\n\n\n\n<li>Per i progetti biofisici, apprendere l\u2019uso di metodologie quali <strong>SPR<\/strong> (Surface Plasmon Resonance) e <strong>MST<\/strong> (Microscale Thermophoresis).<\/li>\n\n\n\n<li>Sviluppare capacit\u00e0 di analisi critica, interpretazione di dati complessi e presentazione dei risultati.<\/li>\n\n\n\n<li>Lavorare in un ambiente multidisciplinare e multiculturale, con supervisione diretta e apprendimento orizzontale dal confronto quotidiano con ricercatrici e ricercatori di diversa esperienza.<\/li>\n\n\n\n<li>Rafforzare autonomia, gestione del tempo e problem solving, competenze fondamentali sia in ambito accademico sia industriale.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Esempi di Tesi Precedenti<\/h3>\n\n\n\n<p><strong>Dott. Vittorio Lembo<\/strong> &#8211; Laureato in Farmacia A.A. 2021\/22<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> <em>Chemical Features of Dual Target-Directed Ligands: a Systematic Analysis<\/em><br><strong>Pubblicazione:<\/strong> Lembo V. &amp; Bottegoni G.&nbsp;<a href=\"https:\/\/pubs.acs.org\/doi\/10.1021\/acs.jmedchem.4c00838\">Systematic Investigation of Dual-Target-Directed Ligands<\/a>. J. Med. Chem. 67, 10374-10385 (2024).<br><strong>Percorso successivo:<\/strong> Dottorato in <em>Research Methods in Science and Technology<\/em>, Universit\u00e0 degli Studi di Urbino Carlo Bo (Ciclo XXXVIII).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Dott. Luigi Cutarella<\/strong> &#8211; Laureato in CTF A.A. 2021\/22<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> <em>Studio della performance in simulazioni di high-throughput<br>docking di un dataset di molecole hit-like generato mediante<br>machine learning<\/em><br><strong>Pubblicazione:<\/strong> <em>manoscritto in preparazione<\/em><br><strong>Percorso successivo:<\/strong> Dottorato di Ricerca in Chemical and Pharmaceutical Sciences, Universit\u00e0 di Siena (Ciclo XXXVIII)<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Dott.ssa Rosaria Spagnuolo<\/strong> &#8211; Laureata in Farmacia A.A. 2021\/22<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> <em>Applicazione della dinamica molecolare allo studio di molecole attive su GSK-3\u03b2<\/em><br><strong>Pubblicazione:<\/strong> Di Martino RMC, et al.&nbsp;<a href=\"https:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/pii\/S0223523425006646\">Rational optimization of D3R\/GSK-3\u03b2 dual target-directed ligands as potential treatment for bipolar disorder: Design, synthesis, X-ray crystallography, molecular dynamics simulations, in vitro ADME, and in vivo pharmacokinetic studies<\/a>. Eur J Med Chem. 297, 117899 (2025).<br><strong>Percorso successivo:<\/strong> Dottorato di Ricerca in Scienze Biotecnologiche, Biocomputazionali, Farmaceutiche e Farmacologiche, Universit\u00e0 di Bologna (Ciclo XXXIX)<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Dott.ssa Anna Lisa Chiaravalle<\/strong> &#8211; Laureata in CTF A.A. 2022\/23<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> The effect of mutations on tiotropium residence time in the<br>human M3 muscarinic receptor. A computational study.<br><strong>Pubblicazione:<\/strong> Coricello A, et al.&nbsp;<a href=\"https:\/\/pubs.acs.org\/doi\/10.1021\/acs.jcim.5c00601\">Adiabatic-Bias Molecular Dynamics Simulations Reveal the Impact of Mutations on Muscarinic Antagonist Unbinding Kinetics<\/a>. J Chem Inf Model. 65(13):7129\u20137142 (2025).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Dott.ssa Alessia Peluso<\/strong> &#8211; Laureata in Farmacia A.A. 2023\/24<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> <em>Pharmacophore modelling<\/em> e <em>target fishing<\/em> di inibitori della proliferazione di <em>Leishmania infantum<\/em> con scaffold bisindolico<br><strong>Pubblicazione:<\/strong> <em>Manoscritto in preparazione<\/em><\/p>\n\n\n\n<p><strong>Dott.ssa Sabrina Papi<\/strong> &#8211; Laureata in Farmacia A.A. 2024\/25<br><strong>Titolo tesi:<\/strong> Valutazione del meccanismo d\u2019azione degli inibitori di USP2 con scaffold 4-idrossitiazolico<br><strong>Pubblicazione:<\/strong> <em>Manoscritto in preparazione<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Disponibilit\u00e0 Tesi Sperimentali: Gennaio 2027 Note. This page is in Italian because the thesis projects are offered to undergraduate students enrolled in Italian-language degree programs at the University of Urbino. We are, however, open to hosting fully and independently funded international students for a bachelor\u2019s or master\u2019s thesis\/final year project. Interested candidates are invited to [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_editorskit_title_hidden":false,"_editorskit_reading_time":0,"_editorskit_is_block_options_detached":false,"_editorskit_block_options_position":"{}","footnotes":""},"class_list":["post-255","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/255","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=255"}],"version-history":[{"count":22,"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/255\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":340,"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/255\/revisions\/340"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/camd.uniurb.it\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=255"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}